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微生物次生代谢物合成基因组簇的查询与预测:antiSMASH数据库详解

时间:11-16 名人轶事 提交错误

大家好,今天来为大家分享微生物次生代谢物合成基因组簇的查询与预测:antiSMASH数据库详解的一些知识点,和的问题解析,大家要是都明白,那么可以忽略,如果不太清楚的话可以看看本篇文章,相信很大概率可以解决您的问题,接下来我们就一起来看看吧!

http://antismash.secondarymetabolites.org/

官方主页

antiSMASH数据库使用(以禾谷镰刀菌为例)

(1)由于网站运营原因,真菌代谢簇预测服务器已移至细菌代谢簇预测页面,因此我们使用细菌代谢簇预测页面。

(2)访问NCBI主页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/58下载输入文件、基因组和GFF文件

输入文件准备

(3)在Antismach主页找到NCBI acc#位置,上传相关文件,点击提交开始运行。

上传文件

(4)结果文件

36M真菌全基因组注释,运行时间并不算长,不到7分钟。运行完成

点击结果

运行结果

上图是我对禾谷镰刀菌PH-1基因组的分析结果;

选择基因簇是找到的基因簇的列表。总共有44个。突出显示的与次生代谢物有关,灰度一般为基础代谢物,如糖类、脂类等;

已查明以下为详细清单;

文章到此结束,如果本次分享的微生物次生代谢物合成基因组簇的查询与预测:antiSMASH数据库详解和的问题解决了您的问题,那么我们由衷的感到高兴!

用户评论

仰望幸福

这真是太棒了!终于有个地方可以轻松查询微生物次生代谢产物的合成基因组信息

    有7位网友表示赞同!

荒野情趣

对于研究微生物代谢圈的人来说,这个数据库简直太实用了!

    有5位网友表示赞同!

孤独症

之前寻找这些信息一直很麻烦,有了antiSMASH就简单多了

    有13位网友表示赞同!

孤自凉丶

这个预测功能真的非常强大,可以帮助我们挖掘更多潜在的次生代谢物

    有10位网友表示赞同!

凝残月

期待这个数据库不断更新,包含更多的微生物和次生代谢物种类

    有13位网友表示赞同!

凝残月

对于新进入该领域的科研人员来说,antiSMASH应该是一个很好的入门工具

    有13位网友表示赞同!

虚伪了的真心

希望antiSMASH可以提供一些详细的基因功能注释信息

    有10位网友表示赞同!

莫名的青春

这个数据库的设计非常直观易用,很感谢开发者们的努力!

    有17位网友表示赞同!

情字何解ヘ

我想知道antiSMASH是否支持自定义物种数据的上传?

    有19位网友表示赞同!

淡写薰衣草的香

能不能在预测结果上加上一些关于次生代谢物生物活性的信息?

    有19位网友表示赞同!

念旧情i

这个数据库的更新速度怎么样?会定期发布新的版本吗?

    有14位网友表示赞同!

孤者何惧

结合其他数据库,antiSMASH可以形成一个强大的微生物代谢研究平台

    有18位网友表示赞同!

月下独酌

antiSMASH的访问权限要求是什么?免费对所有人开放吗?

    有12位网友表示赞同!

暖栀

这个数据库是否支持大批量数据的查询和分析?

    有15位网友表示赞同!

无所谓

我想了解一下antiSMASH的开发团队有哪些成员,他们的研究背景?

    有13位网友表示赞同!

优雅的叶子

antiSMASH会不会开发成一个开源软件包,可以供开发者们直接使用?

    有19位网友表示赞同!

蝶恋花╮

这个数据库在生物医药领域的研究中会有哪些应用前景?

    有15位网友表示赞同!

寂莫

antiSMASH能否提供一些关于次生代谢物合成的实验数据和指导?

    有7位网友表示赞同!

该用户已上天

这个数据库对微生物代谢组学的理解有怎样的推动作用?

    有19位网友表示赞同!

颓废人士

学习使用antiSMASH需要花多少时间?有没有相关的教程视频?

    有7位网友表示赞同!

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