论功行赏时，石柱白杆兵战功卓著，被列为川南路第一有功之军，秦良玉初次参加大战，立下汗马功劳，除受到重奖外，“女将军”的英名远播四方。在平叛战争中，秦良玉初露锋芒，“连破金筑七塞，取桑木关，为南川路战功第一”。
3、万里请缨，血战北疆。
大明万历四十一年（1613年）马千乘被太监邱乘云诬陷，冤死云阳狱中，朝庭因秦良玉屡立战功，遂令袭职，代领石柱宣抚使。从此秦良玉卸裙钗、易冠带。侍女卫队皆戎装雄服，南征北讨，声威远震。
秦良玉得掌兵柄之日，正值女真族崛起于东北，对明廷构成严重威胁之际。大明万历四十七年（1619年）明军在萨尔浒惨败于努尔哈赤的后金军队，举朝震惊，辽东官兵“一闻警报，无不心惊胆丧”，“装死苟活，不肯出战”。朝庭急调永顺、保靖、石柱、酉阳等土司兵赴辽救援。秦良玉奉调兵派遣兄邦屏、弟民屏率兵数千奔赴前线。
大明天启元年（1621年）清军攻占了沈阳，势头更加猖撅，秦良玉的大哥邦屏和弟弟民屏，为了挽回大明的损失，强渡浑河与清兵激战，无奈因寡不敌众，邦屏战死疆场，民屏身陷重围；秦良玉闻讯后，亲自率领百名白杆兵，渡河杀入重围，拼死救出了弟弟，抢回了哥哥的尸体。浑河血战虽因寡不敌众，邦屏阵亡，未能取胜，但却在极艰苦的条件下杀敌数千，重创清兵，被除数誉为“辽左用兵来第一血战”。
兄亡子伤，秦良玉悲怒交集，于是上书皇帝，陈述了自家军队作战及伤亡情况，天启皇帝深为感动，下诏赐予秦良玉二品官服，并封为诰命夫人，任命其子马祥麟为指挥吏，追封秦邦屏为都督佥事，授民屏都司金事之职，还重赏了白杆兵众将士。
浑河血战之后秦良玉立即遣使入都，赶制一千五百件冬衣抚恤士卒，整顿余部。自己则亲率三千精兵直赴榆关（山海关）。榆关是清兵占据辽阳进窥中原必经的咽喉要道。清军屡次派重兵前来叩关挑战，秦良玉不为所激，只命部下加固防守，终使清兵无法得逞。一次，秦良玉的儿了马祥麟带兵巡关时，被敌军的流矢射中一目，他忍痛拔出箭簇，援弓搭箭向远处的敌人射去，连发三箭，射死三个敌人，清兵震惧，从此不敢轻易再来山海关挑衅了。秦良玉坐镇榆关，一方面救济关内外饥民，安定民心；同时加强武备，戮力守卫，有效地遏制了清兵南侵的气焰。在秦良玉的主持下，榆关防务固若金汤，成为清兵无法逾越的屏障。
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