深度解析m6A甲基化数据分析流程

在哺乳动物mRNA中，m6A修饰存在于7000多个基因中，保守基序为RRACH（R=G，A；H=A，C，U）。 m6A 修饰在mRNA 终止密码子附近富集。

m6A检测方法近年来m6A研究的快速发展得益于meRIP-seq技术的发展和应用。 meRIP-seq高通量测序技术的出现，可以高效、准确地检测整个转录组中不同的RNA甲基化，是成功发现RNA甲基化机制和功能的关键技术。 MeRIP-seq技术结合了甲基化DNA免疫沉淀（MeDIP）技术、RNA结合蛋白免疫沉淀（RIP）技术和RNA测序（RNA-seq）技术，实现在全基因组（或转录组范围）规模上高准确度检测RNA甲基化。 MeRIP-seq技术采用免疫共沉淀方法，即将甲基化RNA特异性抗体与随机中断的RNA片段一起孵育，捕获甲基化修饰片段进行测序（IP）。还需要并行测序。对照样品(Input)，用于在捕获甲基化片段期间消除背景。然后将免疫沉淀(IP) 样品和对照样品中的序列片段与参考基因组/转录组进行比较（或映射），以检测RNA 甲基化位点。对照样本测量相应RNA的表达，这本质上是RNA-seq数据。

MeRIP-seq技术检测m6A技术流程m6A测序数据分析流程m6A-seq数据分析的原理和流程与ChIP-seq非常相似，一般包括以下步骤。

1. 原读质量控制

2. 与参考基因组的比对

3.高峰通话

使用R包exomePeak调用peak

使用MACS2 呼叫峰值

4.峰注释

使用R 包ChIPseeker 注释峰

使用R 包Guitar 注释峰值

5. 差异峰识别

使用R包exomePeak识别差异峰

使用R 包MeTDiff 识别差异峰

6.差异峰对应基因的GO和KEGG富集分析

7.基序分析

使用Homer 进行基序分析

使用MEME 进行基序分析

由于篇幅限制，小编将在下期为大家详细介绍m6A测序数据分析流程的每一步，敬请关注。

【深度解析m6A甲基化数据分析流程】相关文章：

1.蛤蟆讨媳妇【哈尼族民间故事】

2.米颠拜石

3.王羲之临池学书

4.清代敢于创新的“浓墨宰相”——刘墉

5.“巧取豪夺”的由来－－米芾逸事

6.荒唐洁癖　惜砚如身（米芾逸事）

7.拜石为兄－－米芾逸事

8.郑板桥轶事十则

9.王献之被公主抢亲后的悲惨人生

10.史上真实张三丰：在棺材中竟神奇复活